MCSE 的考試科目分為核心考科和選考科目兩種，核心考科通常會包含網路知識，伺服器管理，企業級伺服器與網路管理，用戶端作業系統等考試，考科數大約 4-6 科，由於科目很多，對於考生準備與應考上會有相當壓力，不過以系統管理與系統專案的角度，以及微軟產品的涵蓋度來看，考如此多科確有必要。在MCSE on Windows 2000 開始，由於對 MCSE 的資格認可加上了設計的要求，因此在 Windows 2000 考試中首次出現設計網路架構的考試科目。
核心考試：以 Windows Server 2003 版本的 MCSE 為例，其核心考試科目為：
用戶端考試（擇一應考）：
Exam 70-620: TS: Windows Vista, Configuring
Exam 70-270: Implementing and Supporting Microsoft Windows XP Professional
伺服器考試 (1)：
Exam 70-290: Managing and Maintaining a Windows Server 2003 Environment
伺服器考試 (2) 與網路管理：
Exam 70-291: Implementing, Managing and Maintaining a Windows Server 2003 Network Infrastructure
網路服務規劃：
Exam 70-293: Planning and Maintaining a Windows Server 2003 Network Infrastructure
目錄服務規劃與實作：
Exam 70-294: Planning, Implementing and Maintaining a Windows Server 2003 Active Directory Infrastructure
網路服務設計（擇一應考）：
Exam 70-297: Designing a Windows Server 2003 Directory Service and Network Infrastructure
Exam 70-298: Designing Security for Windows Server 2003 Network